用戶申請了公積金貸款，銀行仍然會每月從還款銀行卡中扣錢用于歸還公積金貸款。而用戶辦理了公積金對沖業務，則優先扣除公積金賬戶內的余額用于歸還公積金貸款，賬戶內沒有余額或者余額不足時，就會繼續扣除還款銀行卡中的余額用于還款。

因此，公積金貸款還款也是從銀行卡中扣錢還款。公積金貸款沒有辦理對沖業務，則系統只會從銀行卡中扣錢。由于用戶已經辦理了公積金貸款，公積金賬戶內的余額短時間內不需要提取，那么辦理對沖業務是比較劃算的，畢竟公積金存在銀行的利率并不高。

至于公積金賬戶內的余額不足，那么系統也會扣除一部分資金用于還款，之后再扣除還款銀行卡中的錢歸還剩余待還款金額。