1、發行主體不同

兩者發行的主體也可以根據其名稱來判定，公司債券就是由公司發行的，企業債就是由企業發行的。并且企業債券的發行主要由國有控股公司或者知名企業發行，但是公司債就不會有該限制，其發行主體可以是股份有限公司和有限責任公司。

2、資金用途不同

公司債的資金用途比較廣泛。企業債券募集資金主要是為了固定財產的投資以及企業技術創新的改造層面，并且有關活動與國家***機構有著直接的聯系；而公司債券募集資金的使用沒有限制性要求，不會強制其為了新項目的建設等，公司債募集的資金既可以用于固定財產投資也可以用于其他用途。

3、發行流程不同

公司債券的發行推行的是核準制，是由監證會主導的，采用隨報隨批的模式進行；而企業債券采用的是審批制，其辦理的程序流程比較復雜。