海水珍珠又稱海珠、南珠，是由馬氏貝培育，養殖在深海當中，內有珠核，珠子形狀大多數很圓，珍珠越圓越值錢。淡水珍珠由三角帆蚌培育，養殖在湖泊中，是無核的，珠子形狀很少有正圓的，大多數橢圓、扁圓、水滴形或不規則。所以海水珠比淡水珠值錢。海水珠含有多種微量元素，光澤較好，淡水珠所含微量元素相對較少，光澤相對差一些，海水珍珠氨基酸含量占27%，淡水珍珠氨基酸含量才7%。

海水珍珠產量很低，一個珠蚌只產一顆珍珠，養殖一年才能收獲一次，養殖過程極為艱辛，成本高，淡水珍珠產量較高，一個珠蚌產多顆珍珠，成本相對較低。

1、形態：海水珍珠一般呈比較規則的正圓球形，而淡水珍珠則比較多的呈橢圓、扁圓形，且表面褶紋多。

2、大小：海水珍珠一般較淡水珍珠大，海水珍珠的珠徑一般為6~7.5毫米，而淡水珍珠的顆粒則要小得多。

3、密度：一般海水珍珠的密度小于淡水珍珠。

4、生長周期：一般海水珍珠的生長周期為三年，而淡水珍珠則為一~二年。

5、成活率：一般海水珍珠的成活率為50%，而在此范圍內的成珠者僅有40%，而淡水珍珠的成活率則要高得多。

6、珍珠產量：一般三個海水珠母貝才產生一個珍珠，而一個淡水珠母貝可以形成大約20個珍珠。

7、生長環境：海水珍珠更多是在開放的天然海水中生長，里面有更多的營養成分與浮游生物，而淡水珍珠則更多的是在相對封閉的水域環境中生長。

8、藥用功效：海水珍珠的藥用成分含量一般高于淡水珍珠，藥用價值更高，最后一點，也是最關鍵的一點，由于中國近十多年的發展，環境污染越來嚴重，加上淡水養殖主要靠飼料飼養，產量高但其產品無機物質含量較高，而具有美容保健作用的有機物質含量很低。