對水晶進行五行分類是根據其顏色的五行屬性為標準的五行學說認為，紅色屬金;青色、綠色屬木;藍色、黑色屬水;紅色屬火;黃色屬土。根據這個原理，就可以把各種常見的水晶進行分類，其對應的五行屬性如下：

金性水晶：乳白水晶、白幽靈、白碧璽、白瑪瑙等

木性水晶：綠水晶、綠幽靈、綠發晶、綠碧璽、綠瑪瑙、紫水晶等

水性水晶：黑水晶、茶水晶、黑幽靈、黑曜石、黑碧璽、藍發晶、海藍寶、黑瑪瑙等

火性水晶：紅水晶、紅幽靈、紅發晶、紅碧璽、紅瑪瑙、石榴石、黃晶">紫黃晶等

土性水晶：黃水晶、黃幽靈、黃發晶、黃碧璽、黃瑪瑙、黃虎眼石、黃玉等

水晶的五行分類中，不同的風水師的分類卻略有差異。這是因為每個人對五行的理解深度不一樣。比方，紫水晶，把它劃分在木性水晶”之中。